Đổi mới quản lý chi NSNN phù hợp với điều kiện kinh tế thị trường là một yêu cầu khách quan đối với các quốc gia phát triển nền kinh tế thỉ trường bởi xu hướng tất yếu đã được kiểm chứng, quản lý phải phù hợp với trình độ phát triển kinh tế. Đối với các nước đang phát triển như Việt Nam, với nguồn lực tài chính công có hạn thì nhu cầu sử dụng hiệu quả nguồn lực đó đặt ra những bức xúc và mang tính thời sự.

Để quản lý và sử dụng nguồn lực tài chính công phù hợp và có tác động tích cực đến phát triển kinh tế thị trường, ngoài việc giải quyết mục tiêu phát triển kinh tế bền vững, đảm bảo công bằng xã hội cần phải đổi mới phương thức quản lý chi NSNN đối với chương trình dự án theo hướng sau:

1. Xác định các nội dung áp dụng phương thức quản lý chi theo chương trình, dự án

Về lâu dài, cần áp dụng phương thức quản lý chi ngân sách theo chương trình dự án rộng rãi, vì có thể kết hợp cả khuôn khổ trung hạn và ngân sách sản phẩm trong một chương trình. Một chương trình bao gồm những mục tiêu nhất định được phân kỳ trong một số năm và được cụ thể bằng một số dự án để đạt được những mục tiêu đó, mỗi dự án gồm một số kết quả đầu ra được tính cho hàng năm. Thực hiện phương thức này sẽ đạt được yêu cầu đổi mới chi theo hướng vừa đảm bảo cân đối ngân sách trong trung hạn, gắn ngân sách với chính sách kinh tế và quản lý ngân sách gắn với sản phẩm đầu ra để đạt được hiệu quả mong muốn. Chương trình,dự án có một liên hệ hữu cơ với nhau, trong đó chương trình bao quát hơn ở tính mục tiêu vĩ mô hơn, nhiều hơn và thời gian thực hiện dài hơn dự án. Một chương trình có thể gồm trên một dự án trở lên và dự án thực hiện để giải quyết một mục tiêu hay một phần mục tiêu đặt ra. Trong trường hợp này dự án là một bộ phận cấu thành chương trình. Tuy nhiên, có những dự án độc lập không thuộc một chương trình nào, để giải quyết một công việc nào đó mang tính mục tiêu. Người ta thường tách ra 2 phần, đó là:

- Quản lý chương trình: áp dụng với chương trình mục tiêu quốc gì gắn với NSTW.

- Quản lý dự án. Bao gồm:

+ Chi đầu tư xây dựng cơ bản.

+ Chi mua sắm tài sản có giá trị lớn.

+ Các khoản chi không phát sinh đều đặn thường niên nhưng có mục tiêu cụ thể được xác định như các dự án đào tạo, tin học...