- Quy định về kiểm tra, giám sát hải quan thiếu quy định về giám sát đối với hàng hóa nhập khẩu phục vụ cho mục đích xuất khẩu.

- Quy định về hồ sơ hải quan không còn phù hợp với việc áp dụng thủ tục hải quan điện tử và trường hợp miễn kiểm tra; Quy định được phép khai và nộp tờ khai trước khi hàng đến cửa khẩu và tờ khai này có giá trị làm thủ tục hải quan trong vòng 15 ngày là thiếu chặt chẽ; Quy định được khai bổ sung, sửa chữa tờ khai trong thông quan, nhưng không quy định được sửa chữa, bổ sung sau thông quan.

- Chưa có quy định về các trường hợp cơ quan Hải quan cho phép doanh nghiệp được áp dụng cơ chế phân loại trước về mã số, xác định trị giá tính thuế, xuất xứ hàng hóa trước khi làm thủ tục nhập khẩu theo Chuẩn mực của Công ước Kyoto.

- Chưa quy định chế độ ưu tiên thủ tục hải quan đối với doanh nghiệp xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa.

Một số quy định chwua tạo điều kiện thuận lợi cho việc áp dụng các phương pháp quản lý hải quan hiện đại; quản lý hải quan tập trung:

- Việc thu thập, phân tích thông tin, quản lý rủi ro trong hoạt động quản lý hải quan chưa được quy định và thể hiện đúng bản chất của phương thức này; Luật Hải quan hiện hành chưa giải thích cũng như chế định rõ về thông tin hải quan và thông tin nghiệp vụ hải quan.

- Quy định quản lý rủi ro mới chỉ được định danh trong quy định về kiểm tra hải quan.

- Quy định kiểm tra hải quan sau thông quan đối với hai trường hợp khi phát hiện có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc căn cứ kết quản phân tích, thu thập thông tin còn bất cập.

Một số quy định chưa tạo cơ chế thuận lợi đầy đủ cho hoạt động quản lý, thu, nộp thuế đối với hàng hóa nhập khẩu và thu tài chính khác:

- Luật Hải quan quy định về chế độ quản lý thuế, xác định trị giá và phân loại hàng hóa xuất nhập khẩu còn mang tính nguyên tắc, chưa đầy đủ nội hàm và chưa chỉ ra việc thực hiện như thế nào mà việc thực hiện được dẫn chiếu đến Luật Thuế xuất khẩu, nhập khẩu và Luật Quản lý thuế.

- Luật hải quan quy định về đối tượng không chịu thuế và đối tượng nộp thuế theo quy định của pháp luật về thuế, nhưng quy định của Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu lại chưa phù hợp thực tế.

Một số quy định chưa tạo cơ sở pháp lý đầy đủ đảm bảo hiệu quả cho hoạt động quản lý hải quan; hoạt động phòng, chống buôn lậu, gian lận thương mại; bảo vệ các quyền và lợi ích hợp pháp của Nhà nước, tổ chức, cá nhân:

- Luật Hải quan chưa có quy định rõ địa điểm, thời gian đăng ký tờ khai hải quan mà chỉ quy định về việc kiểm tra hồ sơ trước khi đăng ký tờ khai hải quan.

- Luật Hải quan không quy định cụ thể việc xác định trị giá hải quan để tính thuế và thống kê hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu mà dẫn chiếu thực hiện theo Luật Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu.

- Luật Hải quan chưa quy định việc khai thông tin trước về hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu, hành khách và phương tiện vận tải xuất cảnh và rời khỏi cửa khẩu theo thông lệ quốc tế và đã được thực hiện ở nhiều nước.

- Luật Hải quan quy định cứng các trường hợp hàng hóa thuộc diện kiểm tra, miễn kiểm tra hải quan nên có khả năng dễ bị lợi dụng các trường hợp được miễn kiểm tra để gian lận, buôn lậu, trốn thuế.

- Luật Hải quan quy định phải thông báo cho chủ hàng biết và phải có đại diện tổ chức vận tải, đại diện Ủy ban nhân dân cấp xã nơi gần nhất khi kiểm tra hải quan là không phù hợp thực tế và trì hoãn công tác kiểm tra hải quan của cơ quan Hải quan.

- Luật Hải quan quy định giám sát hải quan nhằm đảm bảo nguyên trạng hàng hóa, phương tiện vận tải thuộc đối tượng quản lý hải quan là chưa hoàn toàn phù hợp với yêu cầu quản lý hải quan hiện đại.

- Luật Hải quan chỉ quy định chung chung công chức hải quan phải quyết định việc thông quan hàng hóa là chưa phù hợp.

- Luật Hải quan quy định địa bàn hoạt động của cơ quan Hải quan nhưng thực tế không bao quát hết các địa điểm nơi có hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu hàng hóa; nơi có hàng hóa hoặc phương tiện thuộc diện chịu sự giám sát hải quan.

Một số quy định chưa đồng bộ, thống nhất với quy định của văn bản pháp luật khác liên quan trong hệ thống pháp luật Việt Nam:

- Quy định không thống nhất giữa Luật Hải quan và Luật Quản lý thuế và Nghị định của Chính phủ về nhiệm vụ thanh tra.

- Quy định không thống nhất về thời hạn kiểm tra sau thông quan giữa Luật Hải quan và Luật Quản lý thuế.

Một số quy định chưa đáp ứng đầy đủ điều kiện cho hoạt động hợp tác quốc tế về Hải quan; chưa nội luật hóa đầy đủ các chuẩn mực hải quan quốc tế đã cam kết theo các điều ước quốc tế mà Việt Nam đã ký kết hoặc gia nhập:

- Luật Hải quan còn thiếu quy định về việc cơ quan hải quan đại diện hợp tác quốc tế về hải quan ASEAN, APEC, ASEM, GSM…

- Luật Hải quan chưa có chế định một cửa quốc gia, một cửa ASEAN nên hiện nay việc triển khai, xây dựng cơ chế này được thực hiện theo các quy định cam kết, thỏa thuận tại điều ước quốc tế nhưng việc triển khai thực hiện còn một số bất cập.

       - Luật Hải quan chưa có quy định về thực hiện công ước Kyoto và Khung tiêu chuẩn về an ninh và tạo thuận lợi thương mại toàn cầu FOS.

2. Một số kiến nghị sửa đổi, bổ sung Luật Hải quan:

Yêu cầu tổng quát đối với việc sửa đổi Luật Hải quan:

- Trên cơ sở rà soát đánh giá tổng thể các quy định của pháp luật hiện hành, rà soát các điều ước quốc tế mà Việt Nam là thành viên, việc sửa đổi Luật Hải quan cần được xem xét một cách tổng thể trên các mặt về thủ tục hải quan; đảm bảo sự đồng bộ, thống nhất trong các quy định về hoạt động nghiệp vụ khác của quản lý hải quan.

- Xác định các quy định về thủ tục hải quan phù hợp; theo đó sẽ có quy định về hồ sơ hải quan, cách thức thực hiện thủ tục hải quan theo chế độ quản lý tương ứng.

- Việc quản lý hải quan sẽ dựa trên kỹ thuật tiên tiến, phương pháp khoa học sẽ được áp dụng đầy đủ, phù hợp với chuẩn mực, thông lệ của quốc tế trong toàn bộ mọi hoạt động.

- Sự thay đổi trong cách quản lý này phải đảm bảo đơn giản hóa được hệ thống quản lý, từ đó sẽ đơn giản hóa được thủ tục, có điều kiện để áp dụng công nghệ thông tin một cách hiệu quả trong công tác quản lý.

- Với sự thay đổi trong quản lý về thủ tục sẽ có tác động đến hầu hết các hoạt động nghiệp vụ hải quan thuộc chức năng nhiệm vụ của hải quan, theo đó đòi hỏi các hoạt động này phải có sự điều chỉnh cho phù hợp.

- Hoạt động hải quan mang tính tổng hợp cao có tác động và liên quan đến nhiều lĩnh vực quản lý của nhiều Bộ, Ngành khác nhau. Để thực hiện nhiệm vụ kiểm tra, giám sát hàng hóa, phương tiện vận tải; phòng chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới; tổ chức thực hiện pháp luật về thuế đối với hàng hóa xuất nhập khẩu và thống kê hàng hóa xuất nhập khẩu thì Hải quan phải căn cứ vào các quy định pháp luật của nhiều ngành luật khác nhau.

- Trên cơ sở pháp luật, nhiệm vụ quan trọng nhất của Hải quan là phải tạo điều kiện để bảo hộ và thúc đẩy mạnh phát triển sản xuất trong nước, thúc đẩy tự do hóa mậu dịch, buôn bán với tất cả các nước, khu vực trên thế giới.

Cải cách thủ tục hải quan, hiện đại hóa quản lý hải quan, áp dụng đầy đủ kỹ thuật quản lý rủi ro, nội luật hóa các cam kết quốc tế, tạo thuận lợi hơn nữa cho hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu:

- Sửa đổi, bổ sung quy định về khai hải quan theo hướng số hóa.

- Cần chuẩn hóa thủ tục hải quan đối với loại hình hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu để đồng bộ với quy định về khai hải quan điện tử.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về hồ sơ hải quan và thời hạn công chức hải quan làm thủ tục hải quan, quy định để tiếp tục đơn giản hóa thủ tục hành chính.

- Bổ sung quy định về việc xác định mã số, xác nhận xuất xứ, xác định giá trị hải quan đối với hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu trước khi làm thủ tục hải quan.

- Bổ sung quy định tạo cơ sở pháp lý để thực hiện thủ tục hải quan, chế độ kiểm tra hàng hóa xuất khẩu, nhập khẩu theo cơ chế một cửa.

Sửa đổi, bổ sung quy định của Luật Hải quan để nâng cao hiệu lực, hiệu quả của hoạt động quản lý hải quan; phòng chống buôn lậu, vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới, gian lận thương mại:

- Bổ sung quy định về địa bàn hoạt động hải quan theo hướng mở rộng so với Luật hiện hành để bao quát được hết các địa điểm được phép xuất khẩu, nhập khẩu, xuất cảnh, nhập cảnh, quá cảnh hàng hóa, tuyến đường vận chuyển hàng hóa, khu vực được phép lưu giữ hàng hóa đang chịu sự giám sát hải quan.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về kiểm tra sau thông quan theo hướng tạo điều kiện để tăng cường công tác kiểm tra sau thông quan.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về giám sát hải quan theo hướng việc giám suát hải quan không chỉ nhằm mục đích đảm bảo sự nguyên trạng của hàng hóa mà còn đảm bảo việc tuân thủ các chế độ quản lý hải quan đối với từng loại hàng hóa xuất nhập khẩu.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về thanh tra hải quan, quy định cơ quan hải quan thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật về thanh tra.

- Sửa đổi, bổ sung quy định về công tác phòng, chống buôn lậu vận chuyển trái phép hàng hóa qua biên giới.

- Sửa đổi, bổ sung, quy định cụ thể quyền và nghĩa vụ của người khai hải quan, tổ chức, cá nhân có liên quan; trách nhiệm của cơ quan hải quan và các cơ quan khác của Nhà nước để đảm bảo quản lý hải quan.

- Sửa đổi, bổ sung những quy định trong Luật hiện hành để đảm bảo tính thống nhất, khả thi của pháp luật hải quan, phù hợp với văn bản pháp luật có liên quan và thực tế hoạt động xuất khẩu, nhập khẩu.