Hiện nay nhiều quốc gia ưu tiên thuật ngữ “chương trình máy tính” khi quy định về đối tượng được điều chỉnh bởi pháp luật sở hữu trí tuệ. Tuy nhiên, thuật ngữ “phần mềm” vẫn được sử dụng trong các quy định pháp luật có liên quan, ví dụ như Luật Phát triển phần mềm của Hàn Quốc, phần mềm được định nghĩa “Là các hướng dẫn và lệnh (bao gồm thông tin âm thanh hoặc hình ảnh, v.v.) cho phép ra lệnh, điều khiển, nhập, xử lý, lưu trữ, đưa ra kết quả và tương tác với thiết bị (như máy tính, thiết bị liên lạc, thiết bị tự động hóa, v.v. và thiết bị ngoại vi của chúng) cùng với các mô tả hoặc dữ liệu liên quan khác dùng để hỗ trợ cho việc sử dụng”, còn Luật sở hữu trí tuệ (1992) của Pháp lại sử dụng thuật ngữ “phần mềm”. Điều này có nghĩa là dưới góc độ pháp luật, việc sử dụng thuật ngữ phần mềm hay chương trình máy tính còn chưa có sự thống nhất. Từng quốc gia lại có quan niệm khác nhau, trong các quy định về sở hữu trí tuệ có quốc gia dùng thuật ngữ “phần mềm”, quốc gia khác lại cho rằng “chương trình máy tính” phù hợp hơn. Qua một số khái niệm nêu trên, thuật ngữ phần mềm so với chương trình máy tính có sự bao quát hơn vì phần mềm là tổ hợp các chương trình máy tính cùng các tài liệu hướng dẫn sử dụng phần mềm đó, còn chương trình máy tính dường như chỉ được hiểu là các mã nguồn mà sau khi thông qua trình biên dịch, các mã nguồn này sẽ trở thành mã đối tượng hoặc mã máy mà thiết bị điện tử có khả năng đọc được. Việc chỉ xác định chương trình máy tính là đối tượng của luật sở hữu trí tuệ có thể sẽ bỏ qua những yếu tố khác tồn tại trong một phần mềm cần phải được bảo hộ (ví dụ trong một phần mềm trò chơi điện tử phần hình ảnh đồ họa, âm nhạc hay nội dung cốt truyện truyền tải một thông điệp nào đó cũng chịu sự điều chỉnh pháp luật SHTT chứ không chỉ riêng chương trình máy tính)

Khoản 1, điều 1, Chỉ thị 2009/24/EC của Nghị viện và Hội đồng liên minh Châu Âu về bảo hộ chương trình máy tính có lưu ý rằng “thuật ngữ chương trình máy tính bao gồm cả tài liệu thiết kế bước đầu của chúng”. Các tài liệu thiết kế bước đầu là các thông số kỹ thuật, chức năng, đồ thị v.v đưa đến sự phát triển của chương trình máy tính, mang thông tin về chương trình máy tính về mặt bản chất thì chúng giống như các tài liệu đi kèm phần mềm. Cách hiểu của Liên minh Châu Âu về chương trình máy tính có vẻ như đã hợp nhất với phần mềm.

Ngay tại Việt Nam, khoản 1, điều 22, Luật sở hữu trí tuệ 2005 (sửa đổi, bổ sung năm 2019) cũng có quy định “Chương trình máy tính là tập hợp các chỉ dẫn được thể hiện dưới dạng các lệnh, các mã, lược đồ hoặc bất kỳ dạng nào khác, khi gắn vào một phương tiện mà máy tính đọc được, có khả năng làm cho máy tính thực hiện được một công việc hoặc đạt được một kết quả cụ thể” và tiếp tục khẳng định “Phần mềm là chương trình máy tính được mô tả bằng hệ thống ký hiệu, mã hoặc ngôn ngữ để điều khiển thiết bị số thực hiện chức năng nhất định” khoản 12, điều 14, Luật Công nghệ thông tin 2006 (sửa đổi, bổ sung năm 2017) [18]. Như vậy, dù chưa tìm được tiếng nói chung về thuật ngữ trong các quy định pháp luật, vẫn có thể hiểu rộng ra, pháp luật về bảo hộ chương trình máy tính chính là pháp luật về bảo hộ phần mềm bởi về bản chất, chương trình máy tính vẫn là thành phần thiết yếu nhất của một phần mềm. Một phần mềm được đánh giá cao vẫn là nhờ kĩ năng viết và tạo ra các chương trình máy tính của lập trình viên. Do đó, phần mềm đơn giản là nghĩa rộng của chương trình máy tính và được diễn đạt ngắn gọn như sau “Phần mềm gồm tổng thể các chương trình máy tính được thể hiện dưới hình thức khác nhau (mã nguồn, mã đối tượng hoặc mã máy) phục vụ cho hoạt động của thiết bị điện tử”.

2. Bảo hộ phần mềm theo pháp luật về sáng chế được chấp nhận ở một số quốc gia. Tiêu biểu có Hoa Kỳ, tuy nước này là một trong những quốc gia thực hiện bảo hộ phần mềm theo quyền tác giả và từ chối xây dựng quy định luật riêng biệt (sui-generis) theo đề nghị của WIPO, nhưng đây lại cũng là quốc gia tồn tại ngoại lệ khi xét duyệt một số trường hợp PMMT được cấp bằng sáng chế. Hoa Kỳ không quy định việc bảo hộ phần mềm theo sáng chế trong luật thành văn nhưng quốc gia này từ rất sớm đã cấp bằng sáng chế cho phần mềm. Người được biết đến là chủ nhân đầu tiên của bằng sáng chế đối với phần mềm mà Văn phòng Sáng chế và Nhãn hiệu Hoa Kỳ (USPTO) đã cấp ngày 23 tháng 4 năm 1968 là Martin A. Goetz. Dù sau đó vấp phải nhiều nghi ngại về việc phần mềm có được tiếp tục bảo hộ theo sáng chế do Tòa án xác định phần mềm được xây dựng trên các phương pháp toán học không thuộc đối tượng được cấp bằng sáng chế, tuy nhiên cho đến án lệ Diamond v. Diehr (1981), lần đầu tiên Tòa án tối cao Hoa Kỳ tuyên bố phần mềm được phép bảo hộ như sáng chế và giải thích “Hiện nay việc áp dụng quy luật tự nhiên hoặc công thức toán học vào một cấu trúc hoặc quy trình đã biết cũng vẫn xứng đáng được bảo hộ bằng sáng chế “. Việc Tòa tối cao Hoa Kỳ mở cửa về mặt pháp lý để phần mềm được bảo hộ theo sáng chế (với điều kiện phần mềm phải thỏa mãn các điều kiện theo quy định pháp luật về sáng chế) đã phần nào cho thấy sự uyển chuyển linh hoạt của pháp luật nước này trong giải quyết các vấn đề về bảo hộ phần mềm sao cho phù hợp với thời đại và không làm kìm hãm ngành công nghệ phần mềm. Còn với Liên minh Châu Âu (EU) vốn bảo hộ phần mềm theo cơ chế quyền tác giả, quy định “các Quốc gia thành viên sẽ bảo vệ chương trình máy tính theo pháp luật quyền tác giả, như các tác phẩm văn học theo Công ước Berne về Bảo hộ Tác phẩm Văn học và Nghệ thuật” hay điểm c, khoản 2, điều 52 Công ước Châu Âu về sáng chế (EPC) đã loại trừ đối tượng phần mềm máy tính khỏi danh mục các đối tượng được cấp bằng sáng chế. Vì lý do này, nhiều người lầm tưởng rằng EU đã đặt dấu chấm hết cho khả năng cấp bằng sáng chế với phần mềm tại các quốc gia thành viên. Đa số phần mềm hình thành tại Châu Âu được bảo hộ theo quyền tác giả, tuy vậy vẫn có ngoại lệ phần mềm được cấp bằng sáng chế.

Để nhận được sự bảo hộ theo pháp luật về sáng chế, tác giả, chủ sở hữu phần mềm phải nộp đơn xin cấp bằng sáng chế. Không phải quốc gia, khu vực nào cho phép phần mềm được bảo hộ theo sáng chế cũng có điều kiện xét duyệt giống nhau. Ngoài các tiêu chí tiên quyết phải có như tính mới, tính sáng tạo, có thể áp dụng công nghiệp, Châu Âu chỉ cấp bằng sáng chế cho sản phẩm PMMT giải quyết vấn đề về kỹ thuật và vì vậy các đối tượng còn lại ngoài phạm vi này như phần mềm giải quyết vấn đề kinh doanh hoặc tương tự sẽ rất khó được chấp thuận theo quy định của EU. Công tác thẩm định yêu cầu cấp bằng sáng chế đối với phần mềm của Cơ quan sáng chế Châu Âu (EPO) dựa trên tiêu chí đánh giá khía cạnh giải pháp kỹ thuật, nghĩa là phần mềm cần cho thấy nó không thuộc trường hợp loại trừ tại điều 52 Công ước Châu Âu về sáng chế (EPC). Điều 52 (EPC) chỉ đang loại trừ các đối tượng được cho là không tồn tại “đặc tính kỹ thuật”. Quy định là vậy nhưng thực tế qua một vài án lệ, Ban kháng nghị của EPO (Boards of Appeal) đã đưa ra hướng dẫn mang tính bước ngoặt “Một sản phẩm chương trình máy tính không bị loại trừ khỏi khả năng được cấp bằng sáng chế theo Điều 52 (2) và (3) EPC nếu, khi nó được chạy trên máy tính, tạo ra một hiệu ứng kỹ thuật vượt xa các tương tác vật lý "bình thường" giữa chương trình (phần mềm) và máy tính (phần cứng)” Nói ngắn gọn, phần mềm được bảo hộ theo sáng chế tại EU nghĩa là nó phải có đủ hai tiêu chuẩn sau: kết hợp với máy tính và sản phẩm của sự kết hợp đó phải thể hiện tính chất kỹ thuật cao, khác hoàn toàn với các phần mềm thông thường. Theo lẽ trên, các quốc gia thuộc EU vẫn cấp bằng sáng chế cho phần mềm mà không mâu thuẫn với EPC hay các hiệp định như TRIPS, Công ước Berne, v.v dù rằng quy trình thẩm định các đơn yêu cầu bảo hộ vẫn rất khắt khe. Đối lập với với Châu Âu, Hoa Kỳ cấp bằng sáng chế với phạm vi rộng hơn “bất kỳ quy trình, máy móc, sản xuất hoặc chế phẩm mới và hữu ích nào của vật chất, hoặc cải tiến mới và hữu ích nào của chúng đều có thể nhận được bằng sáng chế” Nếu EU giới hạn cấp sáng chế cho phần mềm bởi quy định không được tách khỏi máy tính thì Hoa Kỳ lại khá đơn giản và nới lỏng, khi yêu cầu phần mềm phải gắn với một thiết bị máy.

Theo lẽ đó, các phần mềm, bao gồm phần mềm giải pháp kinh doanh, nếu thoả mãn các quy định trên và có tính ứng dụng thực tiễn (không quá trừu tượng) đều có cơ hội trở thành sáng chế. Nhưng cho đến 2002, Hoa kỳ đã thắt chặt điều kiện bảo hộ sáng chế phần mềm giải pháp kinh doanh cho thấy quy trình xin cấp bằng sáng chế với đối tượng này tại Hoa Kỳ đã trở nên rất phức tạp nhằm ngăn chặn sự ra đời không kiểm soát của các bằng sáng chế phần mềm “nếu một cá nhân muốn cấp bằng sáng chế cho phương thức kinh doanh của mình, người đó phải đảm bảo rằng nó tạo ra kết quả thực tế có thể đo lường được”.

Trong quá khứ, cơ chế bảo hộ dưới danh nghĩa sáng chế đối với phần mềm ít được lưu tâm do nhiều nhà lập trình phần mềm cho rằng thủ tục quá rắc rối và tốn thời gian cho việc chờ đợi được cấp bằng sáng chế đối với sản phẩm của mình. Tư duy đó đã biến mất với sự bật lên của nền kinh tế số, cạnh tranh công nghệ thông tin trong thương mại đã cho các chủ sở hữu phần mềm thấy sự cấp thiết phải có một cơ chế bảo hộ tương thích với những biến hoá khôn lường của nền kinh tế, phục vụ cho quá trình đưa phần mềm vào thị trường thật hiệu quả nhưng vẫn bảo đảm lợi ích của chủ sở hữu và sáng chế hiện là lựa chọn khôn ngoan trong lúc này.