Ở Việt Nam, tổ chức hệ thống NSNN gắn bó chặt chẽ với việc tổ chức bộ máy nhà nước. Theo quy định của pháp luật, mỗi cấp chính quyền có một cấp ngân sách cung cấp phương tiện vật chất cho cấp chính quyền đó thực hiện chức năng, nhiệm vụ của mình trên vùng lãnh thổ. Gắn với bốn cấp chính quyền, hệ thống NSNN Việt Nam cũng được tổ chức thành bốn cấp ngân sách tương ứng. NSNN được quản lý tập trung thống nhất từ TW đến các địa phương (tỉnh, huyện, xã) nhưng để đảm bảo việc sử dụng có hiệu quả và quyền  tự chủ về ngân sách cho các cấp chính quyền, NSNN được phân chia thành NSTW và NSĐP. NSĐP bao gồm ngân sách của đơn vị hành chính các cấp có HĐND và UBND. Như vậy, NSNN Việt Nam bao gồm 04 cấp ngân sách là: NSTW (ngân sách của các bộ, cơ quan ngang bộ, cơ quan khác ở TW); ngân sách cấp tỉnh, thành phố trực thuộc TW (gọi chung là ngân sách tỉnh); ngân sách cấp huyện, quận, thị xã, thành phố thuộc tỉnh (gọi chung là ngân sách cấp huyện); ngân sách cấp xã, phường, thị trấn (gọi chung là ngân sách cấp xã). Tập hợp ngân sách cấp tỉnh, huyện, xã gọi là NSĐP. Hiện nay, Việt Nam đang tiến hành thí điểm việc bỏ mô hình HĐND cấp huyện sẽ có tác động trực tiếp tới việc xác định sự tồn tại cấp ngân sách huyện hay không, và khi đó ngân sách cấp huyện chỉ như một đơn vị dự toán cấp I thuộc ngân sách tỉnh.

Trong quá trình nhà nước sử dụng quyền lực để huy động các khoản thu NSNN nhằm đáp ứng nhu cầu chi tiêu của nhà nước đã hình thành quỹ NSNN. Quỹ NSNN là toàn bộ các khoản tiền của nhà nước, kể cả tiền vay, có trên tài khoản của NSNN các cấp. Quản lý quỹ NSNN là trách nhiệm của cơ quan tài chính và KBNN các cấp. Tương ứng với các cấp ngân sách của hệ thống NSNN Việt Nam, quỹ NSNN được chia thành: Quỹ ngân sách của Chính phủ TW, quỹ ngân sách của chính quyền cấp tỉnh và tương đương, quỹ ngân sách của chính quyền cấp huyện và tương đương, quỹ ngân sách của chính quyền cấp xã và tương đương. Bên cạnh các Quỹ NSNN còn có một số quỹ ngoài ngân sách do Nhà nước thành lập, quản lý và sử dụng nhằm cung cấp nguồn lực tài chính cho việc xử lý những biến động bất thường trong quá trình phát triển kinh tế xã hội và để hỗ trợ thêm cho NSNN trong trường hợp khó khăn về nguồn lực tài chính, như: Quỹ dự trữ tài chính, Quỹ bảo hiểm xã hội, Quỹ hỗ trợ việc làm, Quỹ tích luỹ trả nợ nước ngoài, Quỹ hỗ trợ phát triển, Quỹ thuộc nguồn NSĐP, Quỹ hỗ trợ sắp xếp và cổ phần hoá doanh nghiệp. Các quỹ này được hình thành một phần từ NSNN, quy mô của NSNN cấp phụ thuộc vào chức năng của từng quỹ.

Ở Việt Nam, NSNN được quản lý thống nhất theo nguyên tắc tập trung dân chủ, công khai, minh bạch, có phân công, phân cấp quản lý, gắn quyền hạn với trách nhiệm. Phân cấp quản lý NSNN ở Việt Nam thể hiện chủ yếu ở các nội dung sau:

Một là, Quan hệ giữa các cấp chính quyền về chính sách chế độ: Về cơ bản nhà nước TW vẫn giữ vai trò quyết định các khoản thu như thuế, phí, lệ phí, vay nợ và các chế độ, tiêu chuẩn, định mức chi tiêu thống nhất trong cả nước. Một số nhiệm vụ thu chi có tính chất đặc thù ở địa phương, HĐND cấp tỉnh được quyết định chế độ chi ngân sách, phù hợp với thực tế của từng địa phương;

Hai là, Quan hệ giữa các cấp về nguồn thu, nhiệm vụ chi: NSTW giữ vai trò chủ đạo, bảo đảm thực hiện các nhiệm vụ chiến lược, quan trọng của quốc gia và hỗ trợ những địa phương chưa cân đối được thu, chi ngân sách. NSTW hưởng các khoản thu tập trung quan trọng không gắn trực tiếp với công tác quản lý của địa phương như: thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu, thu từ dầu thô…hoặc không đủ căn cứ chính xác để phân chia như thuế thu nhập doanh nghiệp của các doanh nghiệp của các đơn vị hạch toán toàn ngành. NSTW chi cho các hoạt động có tính chất bảo đảm thực hiện các nhiệm vụ chiến lược, quan trọng của quốc gia và hỗ trợ các địa phương chưa cân đối được thu, chi ngân sách.

NSĐP được phân cấp nguồn thu để bảo đảm chủ động thực hiện các nhiệm vụ được giao, gắn trực tiếp với công tác quản lý tại địa phương như: thuế nhà, đất, thuế môn bài, thuế chuyển quyền sử dụng đất…Chi NSĐP chủ yếu gắn liền với nhiệm vụ quản lý kinh tế-xã hội, quốc phòng, an ninh do địa phương trực tiếp quản lý. HĐND tỉnh, thành phố trực thuộc TW quyết định việc phân cấp nguồn thu, nhiệm vụ chi giữa các cấp chính quyền địa phương phù hợp với phân cấp quản lý kinh tế - xã hội, quốc phòng, an ninh và trình độ quản lý của mỗi cấp trên địa bàn. Chính quyền cấp tỉnh cần chủ động, sáng tạo trong việc động viên khai thác thế mạnh trên địa bàn địa phương để tăng nguồn thu, bảo đảm chi và thực hiện cân đối ngân sách của cấp mình.

Một số khoản thu được phân chia theo tỷ lệ phần trăm giữa NSTW và địa phương, các cấp ngân sách ở địa phương. Ngân sách cấp trên thực hiện nhiệm vụ bổ sung ngân sách cho ngân sách cấp dưới để bảo đảm tính cân đối, công bằng giữa các vùng, miền hoặc điều kiện đặc thù dưới hai hình thức là bổ sung cân đối và bổ sung có mục tiêu;

Ba là, Quan hệ giữa các cấp về quản lý chu trình NSNN: mặc dù NSNN Việt Nam vẫn mang tính lồng ghép, tuy nhiên quyền hạn, trách nhiệm của HĐND các cấp trong việc quyết định dự toán ngân sách, phân bổ ngân sách và phê chuẩn quyết toán đã được tăng lên đáng kể trong những năm gần đây. HĐND cấp tỉnh quyết định phân cấp nguồn thu, nhiệm vụ chi cho từng cấp ngân sách ở địa phương; quyết định tỷ lệ % phân chia giữa ngân sách các cấp chính quyền địa phương đối với các khoản thu được hưởng; quyết định dự toán NSĐP, phân bổ NSĐP, trực tiếp phê chuẩn quyết toán NSĐP.

Hiện nay ở Việt Nam, Luật NSNN 2002 quy định rõ 3 loại nguồn thu: nguồn thu NSTW được hưởng 100%, nguồn thu NSĐP được hưởng 100% và nguồn thu được phân chia theo tỷ lệ giữa NSTW và NSĐP. Luật NSNN 2002 cho phép chính quyền tỉnh được quyền giao nhiệm vụ thu cho các huyện và xã. Thu NSNN được quản lý tập trung thống nhất do Tổng cục Thuế, Tổng cục Hải quan quản lý theo ngành dọc từ TW đến địa phương. Tổng cục Thuế quản lý mọi khoản thuế nội địa thông qua hệ thống cơ quan thuế nằm ở từng tỉnh và huyện, trong khi Tổng cục Hải quan quản lý các loại thuế xuất khẩu, nhập khẩu. Chỉ một số loại phí và lệ phí nhỏ là do các cơ quan tài chính và cơ quan cung cấp dịch vụ thu.

Quốc hội quyết định dự toán NSNN, phân bổ NSTW, phê chuẩn quyết toán NSNN. Tại một cấp hành chính nhất định, UBND chịu trách nhiệm trước HĐND, đồng thời cơ quan chính quyền đó cũng phải chịu trách nhiệm trước chính quyền cấp trên và cuối cùng là chính quyền TW. Bất kỳ quyền hạn nào được cơ quan nhà nước tại địa phương thực hiện thông qua HĐND và UBND gồm cả ngân sách đã được quyết định cũng chịu sự giám sát của Quốc hội. Quốc hội có thẩm quyền bãi bỏ các quyết định bất hợp lý của HĐND.

Tóm lại, Việt Nam có một hệ thống NSNN thống nhất và Quốc hội chịu trách nhiệm cuối cùng phê chuẩn toàn bộ NSNN thống nhất. Phiên họp toàn thể Quốc hội được giao quyền không chỉ giới hạn ở việc thông qua toàn bộ ngân sách về tổng thu và tổng chi mà còn thông qua cơ cấu ngân sách và việc phân bổ ngân sách cho từng bộ, ngành, các cơ quan TW và số bổ sung NSTW cho từng NSĐP. Cơ cấu của NSNN của Việt Nam mang tính lồng ghép, thứ bậc, ngân sách của mỗi cấp không chỉ được HĐND cấp đó quyết định mà còn phải được chính quyền cấp trên phê chuẩn. Tuy nhiên, bốn cấp chính quyền: TW, tỉnh, huyện và xã có thẩm quyền đáng kể và ngày càng tăng lên đối với thu, chi NSNN thuộc địa phương mình quản lý. Trong hệ thống dây chuyền báo cáo NSNN, từng cấp phải báo cáo lên cấp trên của mình, có nghĩa là xã phải báo cáo lên cho huyện, huyện báo cáo cho tỉnh và tỉnh báo cáo cho TW.