Cùng với yêu cầu ngày càng cao về chất lượng kiểm toán NSNN của KTNN, đáp ứng ngày càng tốt hơn nhiệm vụ hỗ trợ Quốc hội, HĐND, các cơ quan quản lý NSNN quản lý và giám sát NSNN, việc hoàn thiện tổ chức kiểm toán NSNN do KTNN Việt Nam thực hiện cần tuân theo những định hướng chủ yếu như sau:

Thứ nhất, Việc hoàn thiện tổ chức kiểm toán NSNN phải gắn liền với hoàn thiện tổ chức cơ quan KTNN theo hướng chuyên nghiệp, tập trung nâng cao năng lực kiểm toán, đảm bảo tính hợp pháp trong thực thi nhiệm vụ kiểm toán NSNN. Phát triển KTNN để thực sự trở thành công cụ quan trọng của Nhà nước thực hiện việc kiểm tra, kiểm soát nghiêm ngặt trong việc  quản lý và sử dụng NSNN. Việc hoàn thiện tổ chức kiểm toán NSNN cần đặt trong tiến trình chung của đổi mới cơ chế quản lý kinh tế, đổi mới và hoàn thiện thé chế, nền hành chính quốc gia, nền kinh tế thị trường, mở cửa và hội nhập. Tiếp tục thực hiện các chương trình cải cách hành chính làm cho cơ cấu tổ chức của các cơ quan nhà nước nói chung và KTNN nói riêng hợp lý hơn nhằm nâng cao hiệu lực, hiệu quả hoạt động của các cơ quan, tổ chức; phân định rõ hơn về vị trí, vai trò, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của KTNN trong kiểm toán NSNN với các cơ quan quản lý nhà nước trong việc thực hiện nhiệm vụ thanh tra, kiểm tra liên quan đến hoạt động quản lý NSNN. Đổi mới hoạt động kiểm toán NSNN đảm bảo thích ứng với yêu cầu cải cách hành chính công đi đôi với nâng cao tính tự chịu trách nhiệm của các cơ quan nhà nước trong việc quản lý và sử dụng NSNN.

Việc tổ chức các KTNN các khu vực và các KTNN chuyên ngành kiểm toán NSTW và NSĐP phải đảm bảo về chất lượng, có chiều sâu và phù hợp với tình hình thực tế và mục tiêu hoạt động dài hạn, tránh tình trạng phát trién quá nhanh so với năng lực hoạt động kiểm toán. Việc tăng cường năng lực kiểm toán NSNN gắn với việc cơ quan KTNN phải đảm bảo kiểm toán thường xuyên hàng năm các đơn vị dự toán cấp I trực thuộc NSTW và các tỉnh, thành phố trực thuộc TW đé xác nhận báo cáo quyết toán và cung cấp thông tin cho Quốc hội, HĐND hàng năm. Tăng quy mô mẫu kiểm toán về tổng thé và tại các đầu mối trên, nhất là các cơ quan, đơn vị, tổ chức có sử dụng NSNN với quy mô lớn. Tập trung kiểm toán việc quản lý và sử dụng NSNN và nâng cao chất lượng kiểm tra, phân tích, đánh giá dự toán NSNN;

Thứ hai, Việc phân công nhiệm vụ kiểm toán NSNN gắn liền với việc xác định mục tiêu kiểm toán, phù hợp với tiến trình đổi mới quản lý hệ thống NSNN theo hướng đẩy mạnh phân cấp quản lý giữa TW và địa phương, thực quyền của Quốc hội và HĐND tỉnh trong linh vực NSNN. Việc phân công và phân nhiệm nhiệm vụ kiểm toán NSNN giữa các đơn vị trực thuộc KTNN phải rõ ràng, đảm bảo tính chủ động và độc lập về chuyên môn, nghiệp vụ trong thực thi trách nhiệm kiểm toán và báo cáo kết quả kiểm toán, hạn chế tối đa việc trùng phạm vi kiểm toán. Phân công nhiệm vụ kiểm toán gắn với chức năng hoạt động của KTNN và bao quát các đối tượng kiểm toán NSNN theo hướng chuyên môn hoá trong trung hạn.

Việc phân cấp hoạt động kiểm toán NSNN nhằm đảm bảo chất lượng của hoạt động kiểm toán và xác định chế độ báo cáo, giám sát chất lượng kiểm toán NSNN. Việc áp dụng chuyên môn kiểm toán phải đảm bảo tính chuyên nghiệp và gắn với các ứng dụng tin học trong kiểm toán NSNN các cấp;

Thứ ba, Việc hoàn thiện tổ chức kiểm toán NSNN phải đạt được mục tiêu thực hiện đầy đủ chức năng, nhiệm vụ của KTNN trong kiểm toán NSNN thông qua việc áp dụng đa dạng hoá loại hình kiểm toán; hỗ trợ đắc lực, tin cậy cho Quốc hội, HĐND trong việc giám sát và quyết định NSNN, Chính phủ và các cơ quan nhà nước có liên quan trong việc quản lý, điều hành và sử dụng NSNN. Đồng thời KTNN phải là công cụ đủ mạnh đé kiểm soát việc quản lý và sử dụng NSNN.

Quốc hội, HĐND chỉ có thé thực hiện tốt chức năng, chỉ có thé đảm bảo được thực quyền trong các quyết định dự toán ngân sách, phân bổ ngân sách, phê chuẩn quyết toán và giám sát tình hình thực hiện nghị quyết của Quốc hội, của HĐND về NSNN khi nhận được sự trợ giúp đắc lực của cơ quan chuyên môn. Với hoạt động độc lập, theo nguyên tắc khách quan và chỉ tuân theo pháp luật, KTNN là công cụ quan trọng thực hiện quyền lực của nhân dân bằng kiểm kê và kiểm soát trong quản lý, điều hành, sử dụng NSNN. Ý kiến và sự xác nhận của KTNN là sự đảm bảo độ tin cậy của các thông tin tài chính, các hoạt động quản lý và điều hành NSNN. Chính vì vậy, việc hoàn thiện tổ chức kiểm toán NSNN nh»m bảo đảm thực hiện được các mục tiêu kiểm toán NSNN đó là: xác định tính đúng đắn, hợp pháp của báo cáo quyết toán NSNN các cấp, cơ quan, đơn vị có liên quan theo quy định của pháp luật; đánh giá việc tuân thủ, tính kinh tế, hiệu lực và hiệu quả trong việc quản lý, sử dụng và điều hành NSNN.

Một trong những mục tiêu quan trọng của việc đổi mới công tác kiểm toán NSNN là phải nêu được tính đúng đắn, trung thực của báo cáo quyết toán. Vấn đề này định hướng cho việc phải kiểm toán được những chỉ tiêu chính trên báo cáo quyết toán NSNN các cấp với quy mô mẫu kiểm toán phù hợp, những yếu tố có ảnh hưởng trọng yếu đến thông tin trên báo cáo quyết toán cần phải được xem xét.

Tuỳ theo mục tiêu và cách thức tổ chức kiểm toán NSNN, KTNN cần xác định mở rộng việc kiểm toán NSNN với các mục tiêu, nội dung kiểm toán hoạt động. Thực hiện đa dạng hoá các loại hình kiểm toán, phương pháp kiểm toán đối với việc áp dụng từng loại hình kiểm toán, KTNN sẽ đáp ứng ngày càng tốt hơn trong việc đánh giá hiệu lực, hiệu quả trong quản lý, sử dụng NSNN. Qua kiểm toán hoạt động, KTNN sẽ có điều kiện xác định tính kinh tế, hiệu quả và hiệu lực trong quản lý và sử dụng NSNN.

Đé thực hiện đồng bộ việc đổi mới tổ chức quản lý NSNN và chức năng nhiệm vụ của mình theo quy định của Luật KTNN, trong linh vực kiểm toán NSNN, KTNN cần phải chú trọng kiểm toán tính tuân thủ pháp luật và chính sách chế độ về quản lý kinh tế, tài chính, ngân sách trong tất cả các khâu của chu trình ngân sách (từ khâu lập dự toán, chấp hành, kế toán và quyết toán ngân sách của các đơn vị), nhất là việc thực hiện các quy định về thẩm quyền của các cơ quan đơn vị trong quản lý và sử dụng ngân sách; về phân cấp nguồn thu, nhiệm vụ chi; về việc sử dụng đúng mục đích các nguồn thu, chi...; các phát hiện kiểm toán phải gắn với việc kiến nghị xử lý liên quan đến trách nhiệm của các đơn vị, cá nhân có liên quan.

Đồng thời, kiểm toán NSNN cần phải áp dụng kết hợp loại hình kiểm toán tuân thủ, kiểm toán báo cáo tài chính và coi trọng đúng mức loại hình kiểm toán hoạt động đé nâng cao hiệu quả kiểm toán NSNN, hướng vào việc đưa ra các khuyến nghị với các cơ quan quản lý tài chính ngân sách nhằm nâng cao hiệu quả quản lý NSNN.

KTNN phải đáp ứng tốt nhiệm vụ chuẩn bị ý kiến về dự toán NSNN, phương án phân bổ NSTW phục vụ cho Quốc hội phê chuẩn NSNN và HĐND quyết định NSĐP và phân bổ NSĐP, phục vụ tốt cho việc Quốc hội quyết định ngân sách cho các công trình, dự án quan trọng quốc gia. Vấn đề này đặt ra việc xác định các điều kiện cần thiết đé KTNN tham gia trong quá trình lập dự toán của các cấp ngân sách một cách thường xuyên và thiết lập hệ thống thu thập, cập nhật thông tin một cách liên tục, xác định phương pháp thẩm định dự toán và việc phân giao nhiệm vụ phù hợp gắn với đối tượng kiểm toán NSNN của từng KTNN chuyên ngành, KTNN khu vực;

Thứ tư, Việc tổ chức kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách về cơ bản phải được thực hiện trước khi Quốc hội, HĐND phê chuẩn quyết toán nhằm đảm bảo tính kịp thời, hiệu quả của việc cung cấp thông tin. Thời gian tiến hành kiểm toán báo cáo quyết toán ngân sách các cấp có thé diễn ra trong và sau khi kết thúc năm tài khoá và phù hợp với thời gian lập báo cáo quyết toán ngân sách các cấp, nhất thiết phải phát hành báo cáo kiểm toán trước khi Quốc hội, HĐND xem xét, phê chuẩn quyết toán. Thực hiện đổi mới phương thức kiểm toán kết hợp hậu kiểm với tiền kiểm, nhằm nâng cao khả năng dự báo về hiệu quả sử dụng NSNN; mở rộng loại hình, nội dung, đổi mới phương pháp kiểm toán mới đé đáp ứng các yêu cầu trong tiến trình cải cách tài chính công và hội nhập kinh tế quốc tế;

Thứ năm, Tổ chức tốt việc công khai kết quả kiểm toán NSNN nhằm bảo đảm tính minh bạch của việc quản lý và điều hành NSNN. Minh bạch và công khai về tài chính là một trong các tiền đề, điều kiện quan trọng đé hội nhập kinh tế với khu vực và thế giới. KTNN là cơ quan kiểm tra tài chính độc lập của quốc gia, chịu trách nhiệm đánh giá độ trung thực của báo cáo tài chính; tính kinh tế và hiệu quả của hoạt động quản lý; nếu những thông tin kiểm toán được công bố công khai rộng rãi sẽ làm tăng thêm niềm tin của các nhà đầu tư trong và ngoài nước, đồng thời tạo điều kiện đé xã hội và người dân được quyền tham gia giám sát sử dụng NSNN. Chính vì vậy, kết quả kiểm toán quyết toán NSNN, ngân sách các cấp, các đơn vị dự toán ngân sách, các tổ chức được ngân sách hỗ trợ phải công bố công khai, đầy đủ và kịp thời, tránh việc có độ trễ làm giảm hiệu quả sử dụng thông tin.

Việc công khai kết quả kiểm toán tại toàn bộ các đối tượng kiểm toán NSNN nhằm đảm bảo sự minh bạch trong quản lý NSNN, đồng thời tăng cường tính hiệu lực của các kết luận và kiến nghị kiểm toán. Mặt khác, công khai kết quả kiểm toán cũng tạo nên sức ép cho việc nâng cao chất lượng kiểm toán. Những thông tin trong báo cáo kiểm toán không chính xác sẽ là vấn đề rất nhạy cảm đến uy tín của cơ quan, ảnh hưởng đến niềm tin của các cơ quan quản lý, đối tượng kiểm toán đến ngành KTNN;

Thứ sáu, Việc hoàn thiện tổ chức kiểm toán NSNN phải đáp ứng yêu cầu hội nhập, phù hợp với các nguyên tắc, thông lệ quốc tế và điều kiện thực tiễn của Việt Nam, nhất là đặc điểm về phân cấp quản lý NSNN.

Hội nhập về chuẩn mực, các nguyên tắc kiểm toán và các hướng dẫn kiểm toán trong linh vực kiểm toán nói chung và NSNN nói riêng là rất cần thiết. Trong xu hướng hội nhập kinh tế quốc tế đòi hỏi sự minh bạch trong quản lý tài chính công mà trọng tâm là NSNN, việc tổ chức kiểm toán NSNN phải đạt được mục tiêu chuẩn hoá, chuyên nghiệp theo chuẩn mực, thông lệ quốc tế đối với hoạt động kiểm toán của các cơ quan kiểm toán tối cao. Trong linh vực kiểm toán công ngày càng có sự phối hợp chặt chẽ giữa các cơ quan kiểm toán trong thực hiện nhiệm vụ kiểm toán chung liên quốc gia đối với việc đánh giá thực hiện các cam kết theo các hiệp định, nghị định thư hoặc đánh giá hiệu quả sử dụng nguồn vốn tài trợ, nguồn vốn ODA. Đồng thời nhiều cơ quan kiểm toán quốc gia hiện nay đều xem vai trò vô cùng quan trọng của cơ quan KTNN trong việc đánh giá các chỉ số quốc gia như chỉ số về nợ công, mức bội chi NSNN đã đặt ra nhiệm vụ kiểm toán NSNN những vấn đề rất mới, mang tính vi mô và tầm nhìn dài hạn. Tuy nhiên việc hội nhập cũng phải đặt trong bối cảnh điều kiện chính trị, đặc điểm phân cấp quản lý NSNN của Việt Nam nói riêng nhằm thực hiện tốt vai trò, nhiệm vụ của KTNN Việt Nam trong kiểm toán NSNN.