Theo con số thống kê sau giám sát chuyên đề của UBTVQH, Quỹ BHYT lũy kế đến năm 2012 kết dư 12.892 tỷ đồng.Đối với phần kết dư quỹ BHYT, do Luật và văn bản hướng dẫn chưa quy định cụ thể nên quá trình thực hiện còn vướng mắc. Đến nay, số kết dư quỹ BHYT gần 13.000 tỷ đồng chưa được phân bổ cho các tỉnh có quỹ kết dư, gây thắc mắc với các địa phương có kết dư quỹ KCB BHYT. Vấn đề chính sách này thu hút mối quan tâm lớn của công luận, các ĐBQH. Cần quy định thống nhất về quản lý quỹ kết dư sao cho phù hợp, công bằng, hiệu quả.

Từ những con số thống kê thu thập được qua quá trình giám sát việc thực hiện BHYT từ năm 2009 – 2012, có thể nhận thấy phần lớn kết dư chủ yếu là ở các tỉnh miền núi phía Bắc và Tây Nguyên. Do dân cư phân tán, đi lại khó khăn, điều kiện kinh tế không đảm bảo nên người dân không thể tiếp cận được các dịch vụ y tế, không thu hút bác sĩ về trạm y tế cơ sở, dẫn đến kỹ thuật y tế hiện đại ít được triển khai. Như vậy, kết dư quỹ bảo hiểm y tế thường ở các tỉnh nghèo đem bù cho những tỉnh giàu tạo sự không công bằng trong thụ hưởng chính sách bảo hiểm y tế của người dân ở các địa phương. Do đó, nhiều ĐBQH đề nghị sử dụng quỹ kết dư để đầu tư phát triển cơ sở y tế trang thiết bị phục vụ khám, chữa bệnh. Các tỉnh có quỹ kết dư bảo hiểm y tế được sử dụng một phần để phát triển bảo hiểm y tế và phục vụ cho công tác khám, chữa bệnh tại địa phương. Điều này nhắm gắn trách nhiệm cho địa phương trong việc tổ chức thực hiện bảo hiểm y tế, khuyến khích địa phương quản lý và sử dụng quỹ minh bạch và hiệu quả hơn.

Tuy nhiên, có những ý kiến cho rằng, quỹ bảo hiểm y tế cần được nhìn nhận tổng quan trên bình diện toàn quốc mà không chỉ giới hạn ở các địa phương. Trường hợp quỹ có kết dư lớn thì nên lựa chọn giải pháp là mở rộng quyền lợi hoặc giảm mức đóng góp cho người tham gia bảo hiểm y tế, tích lũy đầu tư tăng trưởng, dự phòng chi tiêu cho các năm sau và điều tiết trong phạm vi toàn quốc không nên chuyển chi vào mục đích khác.

Để dung hòa giải pháp, cần cân nhắc cả hai mặt: một mặt, tính chất cơ bản của bảo hiểm y tế là chia sẻ rủi ro cộng đồng nên quỹ cần được quản lý tập trung, thống nhất và có sự phân cấp trong hệ thống bảo hiểm y tế. Vì vậy, nhiều ĐBQH đề nghị quy định thẳng trong luật về tỷ lệ trích nộp về quỹ dự phòng ở trung ương để điều tiết chung cả nước chứ không giới hạn ở một địa phương. Mặt khác, đối với các địa phương có điều kiện khó khăn mà quỹ kết dư lại nhiều, nên quy định rõ tỷ lệ phần trăm trong tổng số kết dư của các địa phương đó được đầu tư cho các nội dung nâng cấp cơ sở vật chất, nâng cấp trang thiết bị cho các cơ sở khám, chữa bệnh như tuyến huyện, tuyến xã để các, cơ sở này ở các vùng khó khăn có điều kiện nâng cao chất lượng khám, chữa bệnh và thu hút được người dân tham gia ở các vùng khó khăn đến với khám, chữa bệnh bảo hiểm y tế. Trong số đó, cần quy định cụ thể tỷ lệ chi cho phát triển bảo hiểm y tế là bao nhiêu %, chi cho đầu tư phát triển về con người, đầu tư trang thiết bị y tế, cơ sở vật chất là bao nhiêu.

Ý kiến khác đề nghị, cần tổ chức hội đồng quản lý quỹ tại tỉnh để tăng cường trách nhiệm của chính quyền địa phương trong quản lý quỹ bảo hiểm y tế bảo đảm quyền lợi của người bệnh có thẻ bảo hiểm y tế cũng như quyền lợi của cơ sở y tế. Các cơ sở y tế cần sử dụng quỹ bảo hiểm y tế hiệu quả an toàn, tránh tình trạng khi quỹ ở trung ương bội chi thì quỹ ở tỉnh dù có kết dư cũng không được sử dụng.

Việc thực hiện phân cấp quản lý quỹ sẽ tạo ra cơ chế để tăng cường trách nhiệm của chính quyền địa phương trong việc điều hành quản lý quỹ tại địa phương, góp phần hạn chế tình trạng thất thu và lạm dụng quỹ, khắc phục được vấn đề tâm lý ỷ lại, đồng thời khắc phục được tình trạng bất hợp lý trong đóng hưởng giữa các địa phương khi cho phép để lại một phần kết dư quỹ hàng năm, tăng cường năng lực khám, chữa bệnh ở các địa phương.